由北方星辰轉化為人神而來，象徵北極星與四象中的玄武。北方在五行中屬水，具統領所有水族與水上事物，又在五色中屬黑色，亦稱黑帝。據說擁有治水降火，解除水火之患，並統率所有水域安全，又是北極星的化身，可指引船隻航行於正確方向，不會迷失海上，深受信眾擁戴。

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馬祖的玄天上帝信仰頗為興盛，位於南竿的山隴、中隴、珠螺，北竿的橋仔、東莒島等均有立廟或設壇祭祀。