水部尚書公府主祀神為宋末民族英雄陳文龍，因不屈於元朝而自盡殉國，民眾感佩堅毅不屈的氣節，因此建廟祭祀。陳文龍原本是閩江地區的保護神，因保佑沿海漁民及出使琉球船隻出海航道平安，在明洪武三年(1370年)敕封為「水部尚書公」，清嘉慶十三年（1808年）朝廷追封水部尚書公為護航神，於是尚書公從閩江走入海洋，與媽祖共同巡狩海上，並列海神，同祀於福州萬壽尚書公廟。

1941年北竿漁民蕭吓金的妻子周氏，赴福州萬壽尚書公廟分爐至家中供鄉親膜拜，1963年遷移至塘岐大同一村，於1976年籌資建廟，後信徒漸多、廟內空間過於狹小，於是信眾倡議在北竿航空站對面重建，於1994年竣工完成。